Univerzita Hradec Králové rozvíjí vědní obory, které odpovídají zaměření jednotlivých fakult.
Na Pedagogické fakultě jde zejména o moderní přístupy ke vzdělávání a vyučovacímu procesu, na Přírodovědecké fakultě o výzkumy ve vybraných oblastech fyziky, biologie, ale také matematiky, chemie a informatiky. Fakulta informatiky a managementu se zabývá výzkumy v oblasti informatiky a věd ekonomicko-manažerských a na Filozofické fakultě se jedná zejména o výzkum v oblasti věd historických a politologických.
O výzkumných aktivitách vypovídají témata minulých i současných externích projektů domácích i mezinárodních řešených na univerzitě a výsledky k těmto projektům v Rejstříku informací o výsledcích.
V posledním období reaguje univerzita i na potřeby regionu a jeho správní a podnikatelské sféry, například v rámci Hradeckého IT klastru či spolupráce s Radou pro rozvoj a inovace Královehradeckého kraje a pod. Z hlediska zdrojů financování se na krytí grantové činnosti podílejí nejvíce celostátní poskytovatelé, tedy GA ČR, GA AV a resortní ministerstva, dále Evropská unie v rámci svých grantových schémat a v rámci společných aktivit rovněž regionální instituce a v poslední době i podnikatelská sféra.